生態(tài)廁所由于其增加了凈化設施和能源利用設備，因此其建造費用較傳統的廁所要高一些，但是采用新技術(shù)后帶來(lái)明顯的節水、省維修，甚至有附產(chǎn)品產(chǎn)生的好處。對生態(tài)廁所的價(jià)值更應放在大環(huán)境中去考慮，對于那些就地實(shí)現廢物的無(wú)害化的生態(tài)廁所，它們節省了糞污處費用和對下水道的依賴(lài)，其價(jià)值和重要性更為可觀(guān)。

    工地移動(dòng)廁所 從2000年北京市生態(tài)的處理設施實(shí)際投資上看，建造費用一般在1.5~2.0萬(wàn)元/噸水范圍內。（糞污水日處理量為統計單位，每人次用水量10L左右，糞污水COD一般為8000~10000mg/L）。對于純生物菌種生態(tài)廁所費用較高，達到2.2~2.3萬(wàn)元/噸水。一般而言日處理量越大，單位投資和運行費越低。例如5噸/日以下派特森型生態(tài)廁所，投資基本上一樣，為10~12萬(wàn)元左右，噸水運行費為1.4元/噸。